【醫學院】 College of Medicine
　醫學系
　呼吸治療學系
　臨床醫學研究所
　醫學科學研究所

【口腔醫學院】College of Oral Medicine
　牙醫學系（含研究所）
　牙體技術學系
　口腔衛生學系
　生醫材料暨組織工程研究所
　醫療器材產業碩士專班
　數位口腔工程產業碩士專班

【藥學院】College of Pharmacy
　藥學系（含研究所）
　生藥學研究所
　中草藥臨床藥物研發博士學位學程
　臨床藥物基因體學暨蛋白質體學碩士學位學程
　生技製藥產業碩士專班

【護理學院】College of Nursing
　護理學系
　高齡健康管理學系
　護理學研究所
　長期照護碩士學位學程

【公共衛生暨營養學院】College of Public Health and Nutrition
　公共衛生學系（含研究所）
　保健營養學系（含研究所）
　醫務管理學系（含研究所）
　傷害防治學研究所
　全球衛生暨發展碩士學位學程（全英語教學）

【醫學科技學院】College of Medical Science and Technology
　醫學檢驗暨生物技術學系（含研究所）
　醫學資訊研究所
　神經再生醫學博士學位學程（與國家衛生研究院合辦）
　癌症生物學與藥物研發博士學位學程（與中央研究院合辦）
　轉譯醫學博士學位學程（與中央研究院合辦）

【人文暨社會科學院】College of Moral and Political Philosophy
　醫學人文研究所
　通識教育中心

【附屬醫院】
　臺北醫學大學附設醫院
　萬芳醫院
　雙和醫院