松山慈祐宮原名「錫口媽祖宮」，又稱「松山媽祖廟」，創建於清乾隆十八年（西元一七五三年）。溯其淵源，清乾隆元年（西元一七三六年），有一位泉州籍行腳和尚，俗名林守義，法號衡真，雲遊四方，廣結善緣，由湄州攜奉天上聖母分靈金身四處渡化世人，後決定渡海來台，於乾隆二年（西元一七三七年）經滬尾（今淡水）登陸後，行抵錫口（今松山地區），當時錫口地方仕紳多為泉州同鄉，且先民均崇敬媽祖，乃群起倡議集資建廟，安奉媽祖神像。
募捐達十餘年，清乾隆二十二年（西元一七五七年）完工，取名為「錫口媽祖宮」，成為錫口十三庄居民的精神中心，亦是當地生活及文化中心，十三庄包含現今的松山、南港、內湖境內的十三個村庄。後來經過七次改建，「錫口媽祖宮」的規模越來越宏偉，期間並改名為「松山慈祐宮」。