本館將豐富多元的古生物化石、考古文物、科學演進之藏品，規劃為「動物與環境廳」、「­人類與環境廳」及「科學與文明廳」等三大主題區，運用科技互動的展示手法，激發觀眾的­好奇心，探索生物與科學知識。

*動物與環境廳：呈現生命的起源與多樣性，探索生物隨著環境之調適的歷程。
*人類與環境廳：呈現人類體質與文化的發展，探討南瀛先民如何利用智慧和知識適應生活­。
*科學與文明廳：呈現代科技的發展，探知科技原理與發展，以及科技與生活中密不可分的­關係。