西元1950年初，中國慧濟禪寺的住持慶規法師率弟子性海法師赴台灣弘法修學，師徒發宏願，且得助於信徒姚偉信伉儷倡建發起，於西元1958年菊秋，台北市天母地區啟建寶剎，並於1962年落成。為緬懷祖亭故寺，定名為南海普陀山慧濟寺分院。

 

老住持慶規法師於西元1965年圓寂，臨終前叮囑性海法師務必將遺骨送歸普陀，葬於佛頂山畔；直至西元1990年秋，性海法師親自護送恩師靈骨回佛頂山，完成老住持的遺願。

 

西元1966年完成寺廟登記；直至西元1994年起，以財團法人組織形式，更名為『財團法人台北市南海普陀山慧濟寺』，以維寺產體制。