本校於1989年奉准籌設，由漢寶德教授擔任召集人，進行規劃。1993年成立籌備處，1995年8月動工，1996年7月正式設校名為「國立臺南藝術學院」，漢寶德教授為首任校長。2000年9月黃碧端教授接任本校第二任校長，亦為本校第一任遴選校長。2004年8月本校改名為「國立臺南藝術大學」，由黃校長碧端續任第二任校長。2007年5月由李肇修教授接任第三任校長至今。
本校自創校開始，即以培養高等專業藝術人才為目標，並以設立研究所招收研究生為主，考量當時具前瞻性之藝術專業領域，首創音像紀錄研究所、動畫藝術研究所、博物館學研究所及古物維護研究所；除此之外，首設有別於國內一般音樂人才養成藝術教育的七年一貫制音樂系及國樂系，實踐本校創校之追求精緻且專業的治校特色。
本校在既有研究所專業領域的基礎下，設立相關專業科系的大學部，全校師生人數快速增加，2003年9月學生人數已超過1,000人。2010年進行系所整併後，目前本校共4個學院，其中包含5個學系（含3個碩士班）、9個研究所（含1個博士班），全校在學學生總人數約1,600位。

定位─藝術專業大學
本校為一藝術專業大學，透過通識教育及專業系所正式教學、潛在課程和跨領域多元活動，以師徒制、工作室、獨立研究及團隊合作等各類教學型態，營造滋養生命與築夢踏實之校園文化。

核心價值─以藝術滋養生命、關懷社會、造福人群
本校為一藝術專業大學，秉持「以藝術滋養生命、關懷社會、造福人群」核心價值，師生在專業藝術教育環境中成長，在藝術創作、研究以及社會服務各層面表現傑出。

願景─修藝進德之藝術專業學府
本校致力營造提昇美感教育、啟發創造力及融合藝術於生活之優質學習環境，使師生在自由、自在及自信的學風中，成為志道、據德、依仁、游藝之人文藝術專才，以達成「修藝進德之藝術專業學府」之願景。

發展主軸
本校為臺灣最具特色的專業藝術學府之一，以「在地與國際、傳統與創新、創造與應用」三大主軸發展校務。

教育目標
成就志道，據德，依仁，游藝之人文藝術專才。

發展方向
目前本校依據定位、核心價值、願景，以及「兼重在地特色與國際視野之藝術教育」、「培養兼具傳統素養與創新能力之藝術人才」、「強調融合創造力與應用力之藝術內涵」、「營造整合校園與周邊區域之藝術聚落」四大發展方向擬訂策略與計畫，將傳統文化與美學透過創作研究發展，重新與現代思維連結，以歷史、文化及生活做為創作研究泉源，提升在地文化教育及充實文化內容，並以全校師生藝術創作、展演、研究及教育推廣之力量來關懷生命、服務社會，讓藝術之光度與強度在生活中自然發生。

特色
本校為國內三所藝術專業大學中設校最晚、師生人數及組織員工規模最小、與都會距離最遠的藝術大學，「專（藝術專業）、新（年輕）、小（師生人數少）、遠（遠離都會市區）」的校園環境與「藝術滋養生命」的文化內涵，係南藝大在社會變化中永續經營的基石。
本校是一個讓師生可以在藝術創作與研究的歷程中勇敢做自己的夢土，一個沒有上下課鐘聲與人潮熙攘的地方，校園提供師生在自由自在氛圍中持續藝術創作與研究的堅持與追求。近年來更致力於推展人文藝術與科技整合的可能性，與國內數位科技產業進行異業結盟，積極展現本校各藝術專業之創作實力。除此之外，本校更持續透過產官學之專業合作，促進地方進行文化復建與凝聚在地人文意識，透過各種藝術交流活動與國際接軌，將國內藝術專業推上國際舞臺，展現臺灣藝術實力。
本校以上述核心價值、願景、三大發展主軸以及四大發展方向擬訂校務發展計畫，將校長治校理念轉為具體行動方案，藉由計畫之擬定、合理分配經費與運用，積極展開推動各項校務，以建立精緻、和諧、創新、多元之國際發展的特色藝術專業大學。