許多正式老師不願意做的事後來都變成代課老師的工作：非上班時段的課輔、科展指導、教師研習、臨時代理導師。甚至沒有正式老師願意接的生教組長、訓育組長，都落到代理老師頭上。
代課老師有時候也不免要做一些白工。例如某老師請公假，安排學生寫測驗卷，學校拜託代課老師「幫他看一下」。因為只是「看一下」，不是代課，即使你額外抽出時間陪學生，也沒有鐘點費。
在行政安排上，代課老師的權益也常被犧牲。在某國中兼了二十堂課的兼課老師王曉萍（化名），問課務組排課時可否留下至少一天空檔讓她做自己的事，「他不理我，就是要領鐘點費的我一週五天都待在學校。反而是有正式老師把課調整到週休三日。」王曉萍很不滿。
有些縣市教育財源有困難，刪減費用就從代課老師下手。「去年有一場會議，縣政府要砍我們薪水，沒有代課老師願意簽。今年，教育處就砍代理老師的偏遠交通補助及原住民學校加給。」在偏鄉服務的代理老師徐佩穎（化名）其實很喜歡在鄉下地方當老師，但總覺得現行制度虧欠代理老師太多。
當然也有些少數大學校員額充足、制度完整，明定代課老師不能當行政，某些比較難帶的年級（例如要升學的國三）不排代課老師。但這樣的學校裡，當代課老師愈來愈多，正式老師的負擔就變大了。
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